Seit September 2003 betreibt die HzL in der Region Schwarzwald-Baar-Heuberg den 3er-Ringzug, ein S-Bahn-ähnliches Nahverkehrssystem mit den Eckpunkten Blumberg, Tuttlingen, Rottweil, Villingen-Schwenningen und Donaueschingen.
Das im Jahr 1912 vollendete Stammstrecken-Netz der HzL ist bis heute in Betrieb. Personenverkehr findet noch zwischen Hechingen und Sigmaringen sowie auf der Schienenstrecke Gammertingen-Kleinengstingen statt.